下一代(dai)測序(xu)(NGS)技(ji)術(shu)使(shi)快速讀取患(huan)者DNA中成千上萬的(de)(de)(de)堿基序(xu)列成為了可能，NGS的(de)(de)(de)快速崛起(qi)為遺(yi)傳診(zhen)斷(duan)開啟了一個嶄新的(de)(de)(de)時(shi)代(dai)。然而，新技(ji)術(shu)的(de)(de)(de)發展也(ye)帶(dai)來(lai)了巨大的(de)(de)(de)挑(tiao)戰，包括技(ji)術(shu)水平、數據管理和(he)檢測結果的(de)(de)(de)解釋與咨詢三方面帶(dai)來(lai)的(de)(de)(de)挑(tiao)戰。將NGS數據應用于診(zhen)斷(duan)領域之前(qian)，尚且還有很多(duo)問(wen)題需要解決。
在這種背景下，EuroGentest和歐盟人類(lei)遺(yi)(yi)傳學(xue)會(hui)對基于NGS的(de)遺(yi)(yi)傳病診(zhen)斷(duan)進行評(ping)估和驗(yan)證，并制定了NGS診(zhen)斷(duan)指南。該(gai)指南經過實(shi)驗(yan)室遺(yi)(yi)傳學(xue)家(jia)(jia)、生物(wu)(wu)信(xin)息學(xue)家(jia)(jia)、臨(lin)床遺(yi)(yi)傳學(xue)家(jia)(jia)、企業界和患者代(dai)表及(ji)其他人類(lei)遺(yi)(yi)傳領域相關人員(yuan)的(de)共同討論(lun)，最(zui)終由實(shi)驗(yan)室遺(yi)(yi)傳學(xue)家(jia)(jia)和生物(wu)(wu)信(xin)息學(xue)家(jia)(jia)制定。該(gai)指南可(ke)做為補充材料，幫助(zhu)診(zhen)斷(duan)實(shi)驗(yan)室有效(xiao)應(ying)用NGS技術并指導NGS的(de)資質(zhi)認證。
該(gai)指(zhi)南主要針(zhen)(zhen)對(dui)罕見(jian)病(bing)和單基(ji)因疾(ji)病(bing)的NGS診斷(duan)，主要專注于基(ji)因panels的靶(ba)向分(fen)(fen)析、特(te)定的捕獲分(fen)(fen)析以及從(cong)全外顯子測序中提(ti)取可用數據(ju)。理論上或許很(hen)快就能(neng)(neng)從(cong)全基(ji)因組(zu)測序中提(ti)取類似的信息，在(zai)這種(zhong)情況下，該(gai)指(zhi)南將(jiang)仍適用，但(dan)由于全基(ji)因組(zu)測序還(huan)能(neng)(neng)檢測到其他疾(ji)病(bing)的分(fen)(fen)子特(te)性，因此測序深度(du)應當相應延長(chang)。該(gai)指(zhi)南涵蓋了過(guo)去(qu)幾年關于NGS的指(zhi)導(dao)方(fang)針(zhen)(zhen)，但(dan)比舊版多了一些新見(jian)解，其中最(zui)重要的新特(te)性是NGS診斷(duan)測試的“評(ping)價(jia)系統(tong)”。
該指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)在(zai)(zai)(zai)三次NGS與(yu)診(zhen)斷(duan)的(de)重(zhong)大討論(lun)會(hui)(hui)(hui)中生(sheng)成。第(di)一次研討會(hui)(hui)(hui)于2013年(nian)2月(yue)25日(ri)-26日(ri)在(zai)(zai)(zai)比利Leuven舉行，2013年(nian)3月(yue)7-8日(ri)在(zai)(zai)(zai)EuroGentest科(ke)學大會(hui)(hui)(hui)上NGS指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)初(chu)步(bu)意見(jian)形(xing)成;第(di)二次討論(lun)會(hui)(hui)(hui)于2013年(nian)10月(yue)1日(ri)-2日(ri)在(zai)(zai)(zai)Leuven舉行，主要對(dui)NGS診(zhen)斷(duan)指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)進行編寫，2013年(nian)11月(yue)21日(ri)-22日(ri)在(zai)(zai)(zai)Nijmegen敲(qiao)定該指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan);第(di)三次討論(lun)會(hui)(hui)(hui)中，邀請了(le)更多的(de)相關人(ren)員參與(yu)，他(ta)們(men)被邀請對(dui)指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)進行評(ping)論(lun)并作(zuo)評(ping)述報(bao)告，指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)出版(ban)前(qian)遞交歐洲人(ren)類遺傳學董事會(hui)(hui)(hui)審核，最(zui)終該指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)于2015年(nian)7月(yue)正式通(tong)過審批并刊出，并獲(huo)得(de)了(le)基(ji)因(yin)診(zhen)斷(duan)聯盟的(de)高度稱贊，對(dui)歐洲NGS診(zhen)斷(duan)產(chan)業的(de)質量監(jian)督有重(zhong)要意義(yi)。
該指南從(cong)目前(qian)發(fa)展水平、診斷/臨床的效(xiao)用(yong)、知(zhi)情同意(yi)書及對患者和(he)醫生(sheng)的通知(zhi)、驗證(zheng)、報告、研究(jiu)與診斷之間的區(qu)別六個方(fang)向做了38個聲明，并發(fa)表(biao)于《歐洲人(ren)類(lei)遺傳學雜志》上。
一、目前發展水平
從某種意義(yi)上說(shuo)，由于(yu)技(ji)術發展(zhan)迅猛(meng)導致了(le)NGS平臺出現不(bu)穩定(ding)的(de)現狀。然而(er)，這不(bu)能作(zuo)為(wei)阻(zu)止NGS應用于(yu)診斷(duan)領域的(de)理由，因(yin)為(wei)NGS給患者(zhe)帶來了(le)潛在(zai)的(de)利(li)益。阻(zu)止NGS過早用于(yu)診斷(duan)的(de)原因(yin)只能是其質量差(cha)，未通過驗證就(jiu)進入臨床(chuang)診斷(duan)對患者(zhe)而(er)言具有威脅性，同時(shi)也(ye)是不(bu)可接受的(de)。
聲明1：未根據最新指南要求進行可接受性驗證測試，NGS不應進入臨床實踐中。
診斷測試(shi)的目(mu)的是排(pai)除(chu)還是確認診斷應事先定義好，因為排(pai)除(chu)和確診的區別很重要，這種區別主要取(qu)決于測試(shi)的完整性(xing)和授權性(xing)，不(bu)僅僅涉(she)及測試(shi)技術的不(bu)同(tong)設(she)置還包括診斷的不(bu)同(tong)意見。
聲明2：實驗室必須確定即將進行的測試是用于排除診斷還是證實診斷。
二、診斷/臨床的效應
NGS應用(yong)于(yu)診(zhen)斷領(ling)域最大的(de)(de)(de)優勢是可(ke)在相(xiang)(xiang)對(dui)短的(de)(de)(de)時(shi)間內和相(xiang)(xiang)對(dui)低的(de)(de)(de)成本下檢測多個基因，從而得出更多的(de)(de)(de)分(fen)子診(zhen)斷信(xin)息。NGS的(de)(de)(de)局限(xian)性(xing)在于(yu)其對(dui)平臺及濃縮(suo)方(fang)法的(de)(de)(de)依賴，且一直以來認為(wei)濃縮(suo)方(fang)法和測序平臺容易(yi)受影響，因而額外的(de)(de)(de)測試對(dui)高(gao)質量診(zhen)斷來說(shuo)很重(zhong)要(yao)。
聲明3：測試或分析的目的和實用性必須在驗證起始時進行討論，且驗證報告中應包括摘要總結。
診(zhen)斷的(de)效率必須(xu)明確，因為(wei)致(zhi)病變異的(de)概率被標識了才能(neng)做(zuo)出相應(ying)的(de)分子診(zhen)斷。這(zhe)個概率值由病人群為(wei)單位(wei)進行(xing)計算，從臨床(chuang)角度確定(ding)了NGS的(de)性能(neng)，是(shi)反(fan)應(ying)測試效率和臨床(chuang)應(ying)用的(de)很好指標。
聲明4：當診斷實驗室考慮引進NGS監測時，首先必須考慮它的診斷效率。
在實踐(jian)中，診斷(duan)實驗室(shi)將提供更好的(de)基因panels，在開(kai)發診斷(duan)測(ce)試時必(bi)須確定(ding)將一(yi)個基因移植到(dao)panels上(shang)所需的(de)條件。在理(li)想情況下，該問題應以多(duo)學科的(de)方式進行(xing)一(yi)級處理(li)，目標是編譯用于診斷(duan)的(de)基因列表。
聲明5：出于診斷目的，只有異常基因型和與病理相關的已知基因(發表或證實過的)才能納入分析中。
一直以(yi)(yi)來人們都將與身(shen)理(li)缺陷相關基(ji)因(yin)(yin)稱(cheng)為“核(he)心(xin)基(ji)因(yin)(yin)”，從Sanger技術發展NGS技術，測(ce)序(xu)的(de)(de)(de)靈敏(min)度(du)不應降低。例如BRCA1和BRAC2基(ji)因(yin)(yin)，Sanger測(ce)序(xu)技術結合(he)缺失/重復分析可使靈敏(min)度(du)達(da)99%，以(yi)(yi)此(ci)類推該方法對其他(ta)基(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)診斷效率(lv)也應該很高。理(li)論上增(zeng)加其他(ta)基(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)檢測(ce)會增(zeng)加診斷率(lv)，但不應以(yi)(yi)犧牲(sheng)原有(you)的(de)(de)(de)突變檢測(ce)為代(dai)價(jia)。檢出率(lv)的(de)(de)(de)提(ti)高是決定(ding)核(he)心(xin)基(ji)因(yin)(yin)檢測(ce)列表和處理(li)缺口的(de)(de)(de)關鍵(jian)因(yin)(yin)素。
聲明6：出于比對，為了避免不負責任的測試，為了患者的利益，“核心疾病基因列表”應由臨床和實驗室專家制定。
若不考(kao)慮本指南，實驗(yan)室可用不同參數(shu)的(de)NGS檢(jian)測(ce)(技術和診斷)。事實上，有太多(duo)的(de)變量(liang)無法通過固定的(de)指南來指導檢(jian)測(ce)。因此我們為(wei)NGS檢(jian)測(ce)提(ti)出一個簡單的(de)評分(fen)系(xi)統，該(gai)系(xi)統可公(gong)平打(da)分(fen)并對不同實驗(yan)室提(ti)供的(de)NGS檢(jian)測(ce)進行簡單比對。
A類(lei)檢測(ce)：實驗(yan)室保證編碼區(qu)和內(nei)含(han)子區(qu)序(xu)列的可(ke)靠內(nei)參或(huo)識(shi)別變體(ti)大于99%，并用Sangger測(ce)序(xu)(或(huo)其(qi)他互(hu)補的測(ce)序(xu)分(fen)(fen)(fen)析)進行(xing)缺(que)口填補，根據所使用的平臺，選擇額外(wai)的分(fen)(fen)(fen)析，如進行(xing)均聚物延伸的分(fen)(fen)(fen)析。
B類檢測：實驗室能正確(que)描(miao)述哪些區域(yu)能在可(ke)靠(kao)內參或(huo)識別變體大于(yu)99%的(de)條件下測序(xu)，并用Sangger(或(huo)其他)測序(xu)方法(fa)進(jin)行缺(que)口填補。
C類(lei)測試(shi)：C類(lei)測試(shi)僅(jin)僅(jin)基于NGS的試(shi)驗，沒有額外(wai)的Sangger(或其(qi)他(ta))測序試(shi)驗。
聲明7：簡單的評分系統基于檢測覆蓋面和診斷率，可對不同實驗室提供的檢測進行比較。
三(san)、知(zhi)(zhi)情同意書(shu)及(ji)對(dui)患者和醫生的通(tong)知(zhi)(zhi)
基(ji)于NGS的(de)診(zhen)斷取決于實驗室所用(yong)的(de)程序、平臺、數據(ju)過(guo)濾和數據(ju)儲存。至關重要的(de)是，咨(zi)詢醫生應當被完全告知檢測的(de)局限性及檢測可能出(chu)現的(de)不良影響。
聲明8：實驗室提供的每個NGS檢測應明確以下幾點：明確目標疾病，明確所檢測(ce)(ce)的(de)基因(yin)名稱，明確可報告范圍，明確分析敏(min)感度和特異性，如(ru)果可以(yi)，還(huan)應明確與臨床表型(xing)無(wu)關(guan)但與所檢測(ce)(ce)的(de)基因(yin)相關(guan)的(de)疾病。
NGS診斷的應用性主要依賴于直觀結果(guo)和二次(ci)結果(guo)。盡管(guan)直觀結果(guo)可從與(yu)檢測疾(ji)病相關的基(ji)因信息中(zhong)獲(huo)得，但二次(ci)結果(guo)卻隱藏在與(yu)檢測疾(ji)病無關的疾(ji)病基(ji)因中(zhong)。
聲明9：診斷實驗室的分析途徑應聚焦于處于調查研究中的基因pannel以避免二次結果的發生，并進行相應的驗證。
直觀(guan)結(jie)果(guo)在基(ji)因pannel中的概(gai)率很低(di)，一(yi)般(ban)依賴于疾病(bing)基(ji)因。然而(er)，檢測結(jie)果(guo)還有可(ke)能反映出隱(yin)性雜合突變，根(gen)據此還可(ke)判斷疾病(bing)的攜帶狀況。這將對后續(xu)的咨詢、生育選擇等產(chan)生影(ying)響。
聲明10：實驗室應該提供直觀結果的信息。
在執行NGS診斷檢(jian)測之前，臨床(遺傳)中心需(xu)要建立一(yi)(yi)個“直觀(guan)結(jie)果(guo)(guo)和(he)二次結(jie)果(guo)(guo)的(de)(de)(de)(de)協(xie)議”，該協(xie)議必須與倫理(li)委員會的(de)(de)(de)(de)意(yi)見相符，應明確——在實驗(yan)室、研究所或國家層面上(shang)——除(chu)了最初的(de)(de)(de)(de)診斷結(jie)果(guo)(guo)，患(huan)者(zhe)對檢(jian)測出(chu)來(lai)的(de)(de)(de)(de)額外結(jie)果(guo)(guo)的(de)(de)(de)(de)告(gao)知是(shi)否有選擇(ze)決定權，還應詳細說明檢(jian)測直觀(guan)結(jie)果(guo)(guo)與疾病攜帶狀(zhuang)況是(shi)否出(chu)現在檢(jian)測報告(gao)中。實驗(yan)室必須確保(bao)能妥善管(guan)理(li)協(xie)議中的(de)(de)(de)(de)每一(yi)(yi)條選項。
聲明11：關于與目標疾病無關的其他疾病攜帶狀態和二次結果是否被告知的選項協議，如(ru)果臨床中心或實(shi)驗室決(jue)定(ding)為患者提供，那么該協(xie)議應(ying)該包(bao)含(han)所(suo)有的邏輯(ji)性。
此外，檢測前遺傳咨詢是(shi)必要(yao)的(de)，且(qie)應包括預期結果(guo)和潛在(zai)的(de)直觀結果(guo)與二次結果(guo)的(de)討論，并提供足夠的(de)信息(xi)。
聲明12：應讓患者清楚當地對直觀結果與二次結果的管理政策。
聲明13：建議給患者提供一份書面說明書或在線可用信息說明。
四、驗證
樣(yang)(yang)品的(de)(de)質量與許多參數(shu)有關，包括數(shu)據的(de)(de)產量、PCR拷貝和(he)覆蓋的(de)(de)比例。在診斷設置中，只(zhi)有好的(de)(de)樣(yang)(yang)本才是必(bi)須分析的(de)(de)，因此對高質量的(de)(de)目標基(ji)因pannel、外(wai)顯(xian)子(zi)或基(ji)因組(zu)的(de)(de)標準定義十(shi)分必(bi)要(yao)。
聲明14：應準確描述診斷程序中所有的NGS質量測量指標。
NGS技(ji)術要求監(jian)測(ce)特(te)(te)定的(de)(de)run和特(te)(te)定分析/樣本的(de)(de)特(te)(te)性。監(jian)測(ce)數(shu)據無需做成報告但可(ke)用于后續的(de)(de)驗證。
聲明15：診斷實驗室應對平臺、所有的分析和所有的樣本設置一個相關質量度量結構化數據庫。
由于(yu)NGS工作流程非(fei)常復雜，因此應建立樣(yang)本的追蹤(zong)方法，包括在(zai)實驗室和計算分析(xi)中實施并聯(lian)法。
聲明16：在評估分析處理中包括平臺驗證過程應建立樣本追蹤方法和設置樣本識別條形碼。
在(zai)平(ping)臺驗證過程中，實驗室必須(xu)(xu)確(que)保所有的設備(bei)和試(shi)劑都與制造商的要求(qiu)相(xiang)符。必須(xu)(xu)明確(que)每(mei)種技術的局限性，并在(zai)開發測(ce)(ce)試(shi)和數據分(fen)析中將其考慮在(zai)內。實驗室必須(xu)(xu)能區分(fen)附(fu)屬(shu)于(yu)平(ping)臺、特殊檢測(ce)(ce)或分(fen)析流程的特性。
聲明17：平臺驗證應包括精準度和精密度，且通過驗證的平臺工作結果無需其他方法來重復驗證。
顯然每種測序技(ji)術都存(cun)在著優缺點(dian)，生物信息學工具必須能反映這(zhe)些特征。
聲明18：生物信息學流程必須針對所使用的技術平臺。
在流程的(de)(de)驗證(zheng)期間(jian)，診斷規范必須通過(guo)敏感和特(te)性(xing)(xing)的(de)(de)分析評(ping)估。例如，SNP檢(jian)(jian)(jian)測最佳化的(de)(de)算(suan)法對(小片段)插入/刪除的(de)(de)檢(jian)(jian)(jian)測準確性(xing)(xing)不高(gao)。實驗室必須證(zheng)實意識到這些特(te)性(xing)(xing)以及所使用的(de)(de)變(bian)異(yi)檢(jian)(jian)(jian)測流程能滿足(zu)當前診斷分析。
聲明19：在不同的流程驗證中，必須為每種類型的變異建立敏感性和特異性分析。
任何化學成分的(de)改變、濃縮方法或生物信(xin)息學分析平臺應(ying)該(gai)保證后(hou)續的(de)有效性。
聲明20：診斷實驗室必須驗證所有的生物信息學流程(公用工具或商業軟件包)的標準信息設置，以確保相關數據更改后(新版本)及時跟進。
包含(han)所有相關變異的本地數據庫提(ti)供(gong)了(le)識別特(te)定工(gong)作平臺(tai)的工(gong)件(jian)、跟蹤(zong)驗證(zheng)結果(guo)、提(ti)供(gong)特(te)異性位(wei)點數據和meta-分析交換(huan)代理(li)(exchange proxy)的重要工(gong)具。通常這個數據庫應允許進(jin)一步注釋(假陽性、已知突變、隔(ge)離變體等)，這將(jiang)大大簡化(hua)診斷過程。
聲明21：診斷實驗室應使用當前注釋相關變異體的結構化數據庫。
數(shu)(shu)(shu)據(ju)存(cun)儲(chu)(chu)應(ying)使用(yong)標(biao)準的(de)(de)(de)開放性格式如(ru)FASTQ、BAM或VCF，這(zhe)些格式的(de)(de)(de)數(shu)(shu)(shu)據(ju)可與(yu)其他實(shi)驗室共(gong)享。當存(cun)儲(chu)(chu)分析結果(guo)時，應(ying)額(e)外保存(cun)完(wan)整(zheng)的(de)(de)(de)日志(zhi)文件(jian)。日志(zhi)文件(jian)應(ying)盡可能完(wan)整(zheng)以保證FASTQ數(shu)(shu)(shu)據(ju)轉換(huan)為整(zheng)個診斷報告的(de)(de)(de)可復寫性。遺憾的(de)(de)(de)是，關于如(ru)何存(cun)儲(chu)(chu)目前國際(ji)上還沒有共(gong)識。然而，存(cun)儲(chu)(chu)必須符合國家的(de)(de)(de)需求和常(chang)識。
聲明22：診斷試驗必須對所有相關數據的長期存儲采取相應措施。
在啟動任何試(shi)驗之前，必須確定(ding)(ding)好臨床目(mu)標(包括(kuo)編碼(ma)區和保(bao)守的(de)剪接位點)，臨床目(mu)標取決(jue)于診斷測(ce)試(shi)與所定(ding)(ding)義的(de)基因pannel。
聲明23：可報告范圍必須在測試開發過程中確定，且對臨床醫生具有可用性(報告或傳達數字)。
聲明24：“可報告范圍”的要求取決于診斷分析的目的。
例(li)如，外顯子測(ce)序分(fen)析(xi)的(de)目的(de)是獲(huo)得(de)高(gao)效率的(de)診(zhen)斷(duan)，不需要進行額外分(fen)析(xi)來獲(huo)取所有基(ji)因組所覆蓋(gai)的(de)信息，但需要與(yu)臨床醫生清晰(xi)溝通這(zhe)種(zhong)測(ce)試方法不能用(yong)于排除特(te)定的(de)臨床診(zhen)斷(duan)。診(zhen)斷(duan)測(ce)試必須進行準確(que)性、靈敏性和特(te)異(yi)性的(de)分(fen)析(xi)評估。原則(ze)上(shang)，這(zhe)些評估并不是新(xin)穎的(de)，且被認(ren)為很麻(ma)煩，但ISO標準對其的(de)要求(qiu)十分(fen)嚴格。
聲明25：當測試發生重大變化時，必須對質量參數進行檢查，且必須重新上樣檢測。實驗室應事先定義好當測試方法更新或升級后哪種類型的樣本要重新分析及分析次數。
五、報告
NGS檢測(ce)結(jie)果報告(gao)的(de)清晰性(xing)和(he)一致性(xing)至關重要，因為實(shi)驗室的(de)報告(gao)可能被專家和(he)非專家閱(yue)讀。從實(shi)用(yong)的(de)角度來看，臨床(chuang)上的(de)重要結(jie)論、相關測(ce)試(shi)和(he)測(ce)試(shi)質量(liang)數據(ju)應寫(xie)在報告(gao)的(de)首頁。
聲明26：NGS的分析報告應該對患者的鑒別診斷進行總結，簡要描述測試，總結結果，將主要結果放于報告首頁。
所有致病(bing)(5類(lei))或可能致病(bing)(4類(lei))的(de)變(bian)異必須包含在(zai)報(bao)告中，由當地政策決定是否報(bao)告未分類(lei)的(de)變(bian)異(UVs-3類(lei))，且實驗室科學家(jia)及臨(lin)床醫生必須清楚UVs-3類(lei)。
聲明27：關于基因變異報告的當地政策(符合國際建議)應由實驗室在分析之前建立和制定。
聲明28：必須收集UVs數據，最終目的是將這些變異體進行分類。
需發起收集和分(fen)享(xiang)可用信(xin)息的(de)群體(ti)活動，最終目的(de)是將(jiang)變(bian)異體(ti)絕(jue)對分(fen)類(lei)為(wei)致病性(xing)(5類(lei))或良性(xing)(1類(lei))。被實(shi)驗(yan)室或研究所采納的(de)與直接結(jie)(jie)果和二次結(jie)(jie)果相關的(de)政策必須體(ti)現(xian)在實(shi)驗(yan)室的(de)實(shi)踐和報告中。
聲明29：在啟動檢測之前，實驗室應有一個關于訪問直接結果和二次結果的明確協議。
診斷實驗室不應該因舊數據的分(fen)析請求(qiu)而超(chao)載。診斷請求(qiu)應是包含合適時間(jian)與合適地點的合同，診斷試驗只能(neng)在(zai)給(gei)定的時間(jian)提供(gong)已知的和(he)經過驗證的信(xin)息。
聲明30：一般情況下實驗室不會系統性地重分析舊數據并生成新報告，即使與疾病相關的核心基因發生了變化。
但(dan)在特殊(shu)情形下(xia)(該(gai)情形由疾病的實(shi)驗室(shi)或社區專家決定，如(ru)變體(ti)類型(xing)發生變化時(shi))，實(shi)驗室(shi)有(you)責(ze)任重新(xin)(xin)分(fen)析數據，在新(xin)(xin)證據的基(ji)礎上(shang)生成新(xin)(xin)報(bao)告(gao)，并(bing)重新(xin)(xin)聯(lian)系相關臨床醫生和患者，告(gao)知變異新(xin)(xin)狀態可(ke)能帶來的影響，這種情況下(xia)，建(jian)立病人與變異體(ti)的有(you)效連接系統(tong)十分(fen)有(you)必(bi)要，該(gai)系統(tong)在變異體(ti)重新(xin)(xin)分(fen)類時(shi)可(ke)對(dui)受影響病例進行檢(jian)索。
聲明31：為了管理疾病變異體，實驗室必須建立本地變量數據庫，為不同疾病的檢測提供臨床依據。
六、研究和診斷之間的區別
隨著全基因組測(ce)序在(zai)研究和(he)診(zhen)斷(duan)領域(yu)的(de)(de)可能性增加，兩者(zhe)之(zhi)(zhi)間的(de)(de)界線也越來越模糊，因此描述(shu)對患者(zhe)診(zhen)斷(duan)數據的(de)(de)用途以及確(que)定(ding)特定(ding)類型的(de)(de)分析研究是必(bi)要(yao)的(de)(de)。然而，這(zhe)并不排除(chu)對診(zhen)斷(duan)結果進一步研究的(de)(de)建議，但研究與診(zhen)斷(duan)之(zhi)(zhi)間的(de)(de)區別必(bi)須(xu)時刻(ke)保持(chi)清晰。
聲明32：任何診斷測試都是為了回答與患者醫療條件相關的臨床問題。
聲明33：研究測試是一種驅動假設，結果可能僅限于參與研究的患者的臨床效應。
聲明34：通過分析外顯子或基因組得出的診斷測試結果可假設生成。
在診斷過程中，使用NGS技術獲得的(de)外顯子測(ce)序和基(ji)因組數據(ju)是(shi)可以接受的(de)，如果目標是(shi)獲得一個遺傳診斷那么檢測(ce)將局限于與該(gai)疾病(bing)相關的(de)已知基(ji)因。
聲明35：當以單一患者的診斷為的目的診斷檢測應在獲認可的實驗室中進行。
當參與一個研(yan)究項目時，患(huan)(huan)者(zhe)及(ji)其家庭必須(xu)意識(shi)到這個項目可能會披露其遺(yi)傳性疾病(bing)的信息。在研(yan)究中，臨(lin)床相(xiang)關(guan)的結(jie)果必須(xu)在診斷確定(ding)后才能納入患(huan)(huan)者(zhe)的醫療記(ji)錄中。
聲明36：研究結果必須在通過認證的實驗室確定后方可轉移至患者身上。
大多數實驗室都(dou)建立本地測序/分(fen)析樣本變(bian)異頻率(lv)數據(ju)庫以便(bian)易于(yu)進行變(bian)異解釋。這類數據(ju)庫不包含任何敏感的信息。出于(yu)隱私(si)原則考慮，不掂量這些(xie)數據(ju)對診斷和醫療改善(shan)的重(zhong)要性。
聲明37：所有來自健康個體的診斷測試或研究測試的變異頻率都應共享。
理想情況下，疾病(bing)檢(jian)測中所有(you)與基因相關的(de)變(bian)體應該提交至(zhi)致(zhi)病(bing)性變(bian)異(yi)(yi)數(shu)據庫，并與患者(zhe)的(de)臨床數(shu)據相結(jie)合(he)。用(yong)于變(bian)異(yi)(yi)體分(fen)類的(de)標準和參數(shu)應清(qing)楚描述(shu)。
